在养殖虾蟹池塘中，常有野杂鱼、水蛇、水鼠、水生昆虫和各种病原体等有害生物。
它们不仅消耗水中的溶氧，而且有些会侵袭虾蟹、争夺饲料，故应进行清池消毒。
清池一般在虾蟹苗种放养前10~15天进行，要清除育苗池内过多的淤泥(池底应保持20厘米左右厚度的淤泥层，以利于水草和底栖动物繁殖及虾蟹的隐匿),填好漏洞和裂缝。
此外，在池塘进水后，如发现蛙类的卵囊应及时捞去，如果池中蝌蚪和幼蛙较多。
则需用拖网在池中拖1~2次，务必将蝌蚪和幼蛙清除干净，否则将危害幼小的虾蟹，造成不必要的损失。
池塘消毒清池的方法有多种，常用的有以下几种方法。
一、生石灰清塘
冬季将池水排干后，先将池塘暴晒、冻干半个月后，再将生石灰均匀地撒在塘底，用量为水深10厘米的池塘每亩用量为50~75千克。
用铁耙将生石灰与底泥耙平耙匀，使生石灰充分与底泥混合。若1米水深时，每亩用量为~千克，将生石灰兑水溶解，趁热全池均匀泼洒。
也可将生石灰装在箩筐中悬于船舷边或船尾并沉入水体，划动小船缓缓前进，使生石灰浆液或漂白粉液溶入水中。放药后7天左右可放苗。
生石灰清塘不仅能杀死池塘中野杂鱼及其他水生生物，而且可以澄清池水。
使悬浮的有机质胶结沉淀，同时有助于底泥矿化，释放出被淤泥吸收的氮、磷、钾等元素，有利于生物活饵料的培育。
二、二氧化氯清塘
先引入水源后再用二氧化氯消毒，用量为每亩、每米水深10~20千克,7~10天后放苗。
该方法能有效杀死浮游生物、野杂鱼类等，防止蓝绿藻大量滋生，放苗之前一定要试水，确定安全后才可放苗。
三、茶饼清塘
菜饼是广东和广西壮族自治区常用的清塘药物，是山茶科植物油茶、茶梅或广宁茶的果实榨油后所剩余的渣滓，形状与菜饼相似，又叫茶籽饼。
茶饼含皂苷。是种溶血性毒素，能溶化动物的红细胞而使其死亡。由于茶饼的蛋白质含量较高，所以又有施肥的作用。
先将茶饼捣碎成小块，在专用容器中加水浸泡一天一夜，选择晴天加水稀释，连渣带汁全池均匀泼洒。
1米水深每亩用量为40~50千克。放药后10天左右可放苗。
能杀死野杂鱼、蛙卵、螺、蚌、蚂蟥和水生昆虫，但对细菌没有杀灭作用，所以效果不如生石灰好。
在生产中，许多养殖户发现，如果在浸泡茶饼时加入少量石灰水或氨水，能提高清塘效果。
用茶饼清塘操作方便。对人畜无害，部分地区的养鱼者喜欢采用。
四、漂白粉清塘
漂白粉具有药性消失快.用量少的优点，在生石灰缺乏或交通不便的地区采用此种方法，对急于使用的鱼池更为适宜。
漂白粉股含有效氯30%左右，有强烈杀菌和杀死敌害生物的作用。
其消毒效果常受水中有机物影响，如池塘水质肥、有机物质多，清塘效果就差一些。
干法清塘每亩用漂白粉4~5千克。将漂白粉放入木桶或瓷盆内，加水溶解稀释后，全池均匀泼洒。
两天后即可注入新水和施肥，7天后即可放养幼苗。能杀死有害鱼类、蛙类、蝌蚪、螺、水生昆虫、寄生虫和病原体。
带水清塘时，用量为每立方米水体20克。漂白粉溶化后，立即全池泼洒。放药后7天左右可放苗。
五、生石灰和茶饼混合清塘
水深1米，每亩用生石灰75千克和茶饼45千克。先将茶饼捣碎浸泡好，然后混入生石灰中，生石灰吸水溶化后，再全池泼洒。
1周后，可以放苗试水，经确认无毒后方可大量放养虾蟹。
六、生石灰与漂白粉混合清塘
带水清塘时，水深1米，每亩用生石灰65~80千克和漂白粉6.5千克，用法与漂白粉、生石灰清塘相同，放药后10天左右可以放苗。
干法清塘时，每亩用生石灰30~35克加漂白粉2~3千克。7天后即可放苗，效果比单用一种药物更好。
七、鱼藤精清塘
鱼藤精又名鱼藤酮，是从豆科植物鱼藤及毛鱼藤的根皮中提取得到的，能溶解于有机溶剂，对害虫有触杀和胃毒作用，对虾蟹有剧毒。
使用含量为7.5%的鱼藤酮的原液，水深1米时，每亩使用毫升，加水稀释后装入喷雾器中遍池喷洒。
能杀灭野杂鱼类和部分水生昆虫，对浮游生物、致病细菌和寄生虫没有什么作用，毒性7天左右消失。
八、巴豆清塘
巴豆是江浙一带常用的清塘药物，是大戟科植物的果实，所含的巴豆素是种凝血性毒素，能使野杂鱼类的血液凝固而死亡。
水深1米，每亩用3~5千克。将巴豆捣碎磨细装入罐中，用3%的食盐水密封浸泡2~3天，用水稀释后连渣带汁全池均匀泼洒。
只能杀死大部分杂鱼，对致病菌、寄生虫、蛙卵、蝌蚪、水生昆虫没有杀灭作用，也没有改良土壤的作用。毒性消失时间为10天左右。